El programa de Magíster en Economía Aplicada es un Magister académico. Está destinado a profesionales del ámbito de la docencia, ministerios, organizaciones no gubernamentales, y centros de estudios tanto público como privados, y pretende contribuir a la formación de investigadores, docentes y analistas con énfasis en el análisis cuantitativo para la toma de decisiones complejas tanto en el sector público como en el privado. El Magíster en Economía Aplicada cuenta con dos líneas de investigación: Economía de Recursos Naturales y del Medio Ambiente que profundiza la formación en la mirada económica de problemas de contaminación y administración de recursos naturales y la línea de Métodos Cuantitativos que busca profundizar la formación en métodos econométricos avanzados con aplicación directa en problemas económicos de relevancia local y nacional. Ambas líneas constan de una sólida base en teoría económica, junto con una formación de primer nivel en métodos y técnicas aplicadas de análisis cualitativo que les permite desarrollar investigación de primer nivel en cualquier área de la economía aplicada.